アニメ版のネギまに関しては

「B館」のKoujiさんがスパッと総括してくれていますね。
　以下引用ですが。

「魔法先生ネギま！」は、全話見てはいませんが安く作りすぎたと思います。原作連載当初から将来的なアニメ化は予想されていましたが、原作の実力に見合わない安易なアニメ化企画に乗ってしまいました。この設定とお話を本気でアニメにするとしたらどれだけ大変か。アニメ作品として真剣に取り組むよりも、原作に寄りかかって旬のネタとしていじった方が楽という見込みの甘さはいただけません。準備不足を露呈し、作画品質も低くお話でも演出でも勝負できない低リソース作品になってしまいました。その一方で、マンガ原作は連載が進むに連れてぐいぐい伸びてきています。この青田買いアニメがもし成功していたら、爆発力は「ラブひな」を越えていたかもしれません。結局、最初からずっと作品に対して真剣だったのは原作者の赤松健でした。中途半端な覚悟で乗っかったアニメ企画が原作からはるか彼方へ引き離されて、大きなチャンスを潰しました。

　Koujiさんも赤松健という漫画家を高く買っているようで、残念がっている様子。
　可哀想なのは、その「安易な企画」に振り回された現場スタッフ達かな、と思います。最後にはそれなりの巻き返しを見せてくれたとはいえ。